15/02/2022 De nouveaux variants du covid-19 découverts chez des rats d’égout

Comme leur nom l’indique, les rats d’égout rattus norveginicus se trouvent en abondance dans les égouts des grandes villes. Ils en sortent régulièrement, notamment pour explorer des dépôts d’ordures déposées sans précautions dans beaucoup de rues mal tenues. Ils peuvent être occasionnellement en contact avec des humains, notamment les égoutiers chargé de leur destruction. Dans les siècles précédents, on les avait non sans raison accusés de transmettre le bacille de la peste, yercinia pestis/

C’est pourquoi une nouvelle étude menée par des scientifiques américains suscite l’inquiétude. Ceux-ci annoncent (voir référence ci-dessous) avoir découvert un nouveau variant du coronavirus chez des rats vivants dans les égouts de la ville de New-York. Ils auraient pu être infectés par l’eau ou des excréments, apparemment sans conséquence pour leur santé.

Cette souche pourrait être transmise par les rats à l’homme, comme cela avait été le cas avec la chauve-souris dans le cas de l’actuelle épidémie de coronavirus.

Référence

https://www.nature.com/articles/s41467-022-28246-3

Tracking SARS-CoV-2 genetic diversity is strongly indicated because diversifying selection may lead to the emergence of novel variants resistant to naturally acquired or vaccineinduced immunity. To monitor New York City (NYC) for the presence of novel variants, we deep sequence most of the receptor binding domain coding sequence of the S protein of SARS-CoV-2 isolated from the New York City wastewater. Here we report detecting increasing frequencies of novel cryptic SARS-CoV-2 lineages not recognized in GISAID’s EpiCoV database. These lineages contain mutations that had been rarely observed in clinical samples, including Q493K, Q498Y, E484A, and T572N and share many mutations with the Omicron variant of concern. Some of these mutations expand the tropism of SARS-CoV-2 pseudoviruses by allowing infection of cells expressing the human, mouse, or rat ACE2 receptor. Finally, pseudoviruses containing the spike amino acid sequence of these lineages were resistant to different classes of receptor binding domain neutralizing monoclonal antibodies. We offer several hypotheses for the anomalous presence of these lineages, including the possibility that these lineages are derived from unsampled human COVID-19 infections or that they indicate the presence of a non-human animal reservoir.