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Génétique. L'espèce souris, un ou plusieurs génomes ?

La souris (mus musculus), très abondamment utilisée dans les laboratoire, est un mammifère dont le génome est proche de celui de l'homme (homo sapiens), ceci malgré quelques différences anatomiques (clairement visibles?) entre les deux espèces. On y a identifié 99 % de  gènes homologues c'est-à-dire de gènes proches mais pas forcément identiques.

Or aujourd'hui, depuis une étude faisant l'objet d'un article de Nature Genetics  référencée ci-dessous, il ne faudrait plus parler du génome de la souris, mais préciser de quel génome il s'agit, à l'intérieur du génome principal. Des chercheurs européens ayant analysé avec un nouvel outil le génome de 16 variétés de la souris, se distinguant par des traits jusqu'ici jugés sans liens avec le génome, telle la couleur, possédaient en fait une centaine de différences minimes dans les gènes de ce génome, pouvant déterminer les différences observées entre ces traits.

Ainsi, pour prendre un exemple simple, une souris blanche n'a pas exactement le même génome qu'une souris grise, contrairement à ce que l'on pensait jusqu'ici. Or ces différences, selon les chercheurs, sont capables de commander des caractéristiques importantes, telles que la résistance aux agressions microbiennes et plus généralement la capacité d'adaptation à des modes de vie différents.

Un autre résultat de l'étude, tout aussi important, est d'avoir révélé l'existence de gènes jusqu'ici inconnus, intervenant très probablement dans l'acquisition de certains traits, qui pourraient avoir un rôle non négligeable dans les capacités d'adaptation de la souris à des différences dans son environnement. Ces traits pourraient commander des capacités sensorielles importantes ou ce qui peut être essentiel à la survie non seulement des individus mais de l'espèce, par exemple la résistance aux maladies contagieuses.

Les chercheurs considèrent que ces résultats pourraient être utilisés en ce qui concerne l'étude de l'homme. Ainsi l'identification des gènes permettant à la souris de résister aux maladies fongiques dites aussi cryptogamiques (dues à des champignons) par exemple le champignon Aspergillus, pourraient permettre de mieux comprendre les raisons qui font que certains humains sont plus résistants que d'autres aux maladies fongiques.

Il est inutile de souligner ici le champ considérable qu'offrirait cette nouvelle méthode dans l'analyse des génomes des espèces animales et de l'homme lui-même. Mais une conclusion que certains n'ont pas manqué d'en tirer est que des différences de traits entre humains, censés appartenir tous à l'espèce humaine, pourraient provenir de variants génétiques à l'intérieur de cette espèce.

Source

Article daté du 1er octobre 2018
Sixteen diverse laboratory mouse reference genomes define strain-specific haplotypes and novel functional loci

https://www.nature.com/articles/s41588-018-0223-8

Abstract

We report full-length draft de novo genome assemblies for 16 widely used inbred mouse strains and find extensive strain-specific haplotype variation. We identify and characterize 2,567 regions on the current mouse reference genome exhibiting the greatest sequence diversity. These regions are enriched for genes involved in pathogen defence and immunity and exhibit enrichment of transposable elements and signatures of recent retrotransposition events. Combinations of alleles and genes unique to an individual strain are commonly observed at these loci, reflecting distinct strain phenotypes. We used these genomes to improve the mouse reference genome, resulting in the completion of 10 new gene structures. Also, 62 new coding loci were added to the reference genome annotation. These genomes identified a large, previously unannotated, gene (Efcab3-like) encoding 5,874 amino acids. Mutant Efcab3-like mice display anomalies in multiple brain regions, suggesting a possible role for this gene in the regulation of brain development.

02/10/2018
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