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Exploration du métagénome humain

Le séquençage du métagénome humain va prendre la suite du séquençage du génome humain. C'est une bonne nouvelle pour la biologie. Les laboratoires européens y contribueront pour l'essentiel, dans le cadre du programme MetaHIT (pour Metagenomics of Human Intestinal Tract), coordonné par l'INRA. Son lancement a été annoncé le 11 avril.

MetaHIT mobilisera une douzaine d'organismes de recherche et d'industriels européens parmi lesquels le Wellcome Trust Sanger Institute (Royaume-Uni), le Centre national français de séquençage ou The European Molecular Biology Laboratory. Son budget s'élève à 20 millions d'euros pour quatre ans avec une contribution de la Commission européenne de 11,4 millions d'euros. MetaHIT s'inscrit dans un cadre plus général qui rassemblera des partenaires internationaux, américains et chinois notamment.

On désigne par métagénome l'ensemble de tous les gènes des espèces bactériennes vivant en symbiose avec l'homme (ou avec tout autre type d'animal d'ailleurs), dans son tube digestif mais aussi à la surface de sa peau ou dans divers orifices naturels. Il s'agit d'un monde encore pratiquement inconnu, d'une grande complexité et d'une dimension bien supérieure à celle du génome humain. Le projet, via le séquençage, a pour objet de caractériser les fonctions de ces génomes et d'analyser les interactions qui existent entre eux et la physiologie humaine. Il pourrait ouvrir de nombreuses perspectives d'applications industrielles et médicales.

Comme pour le séquençage du génome humain, les données brutes issues de MetaHIT seront mises gracieusement à la disposition de la communauté scientifique. En revanche, dès que des travaux apporteront une valeur ajoutée sur la fonction de telle ou telle séquence bactérienne, une protection par brevet de la propriété intellectuelle pourra être obtenue.

Ces bactéries, au nombre d'un millier d'espèces, vivant en symbiose avec l'homme, ont des fonctions indispensables à la santé. Elles synthétisent des vitamines, contribuent à la dégradation de certains composés inassimilables sans elles et jouent un grand rôle dans les fonctions immunitaire. Elles protègent contre les bactéries pathogènes en interaction avec les cellules épithéliales intestinales.

Seule une toute petite fraction de cette population est cultivable en laboratoire grâce aux techniques de la bactériologie classique. Pour l'essentiel des bactéries, on ne sait pratiquement rien. Les responsables de MetaHIT estiment qu'ils pourront rapidement explorer cet univers grâce à la métagénomique. La métagénomique constitue une nouvelle approche permettant d'analyser directement les génomes de tous les micro-organismes vivant au sein d'une niche écologique et qui ne peuvent pas être cultivés. Après extraction de la population microbienne de sa niche, l'ADN est purifié avant d'être séquencé par des méthodes à haut débit. L'analyse informatique de la séquence devrait ensuite permettre d'identifier les fonctions des gènes bactériens puis d'explorer les interactions, normales ou pathologiques entre la flore et l'hôte.

Vu les ambitions d'un tel projet et ses retombées probables, on regrettera que le budget consacré soit si faible. De ce fait, les suites susceptibles de lui être apportées, qui lui donneraient toute sa valeur et qu'il serait bon de prévoir dès maintenant, restent pour le moment dans le flou.    
12/04/2008
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Site officiel de MetaHIT
09/06/2008 17:22:43 | Par : Y. Winogradsky
Le projet MetaHIT dispose d'un site officiel: www.metahit.eu
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